新型生物標誌物的尋寶和TMB的興起

  • 近年來,一種引起廣泛關注的生物標誌物是腫瘤突變負擔(TMB)。
  • 當用免疫治療劑治療患者時,身體的免疫細胞(T細胞)會識別這些新抗原並啟動針對它們的免疫反應。
  • 已使用不同的方法來測量TMB,並且下一代測序(NGS)在其他方法中脫穎而出。

多年來,已鑑定出幾種與癌症相關的生物標誌物,可用於預測對某些類型癌症的反應 免疫療法藥物。 但是,由於固有的 免疫微環境的複雜性 以及個別患者基因組組成的差異,這些生物標記物中的大多數已被證明不足以預測患者對某些治療類型的反應。

為了解決上述問題,研究人員已將重點轉移到探索新型生物標誌物上,並評估其在預測對各種藥物/療法的反應中的潛力。 近年來,一種獲得了廣泛關注的生物標記物就是腫瘤突變負擔(TMB)。

什麼是TMB:TMB是一種定量生物標記,反映了每兆鹼基(Mb)DNA的體細胞突變總數。 導致這些突變的因素有很多,包括DNA複製機制的錯誤,DNA修復過程中的缺陷,DNA的酶促修飾和外源性暴露。

為什麼將TMB用作生物標記:當用免疫治療劑治療患者時,身體的免疫細胞(T細胞)會識別這些新抗原並啟動針對它們的免疫反應。 因此,高突變負荷可能與新抗原的存在相關,並且是影響針對腫瘤細胞的免疫系統活化的重要因素之一。 這使TMB成為了 鑑定可能對免疫檢查點抑製劑療法有反應的患者.

TMB作為免疫治療生物標誌物的演變:下圖突出顯示了 演變時間表 TMB作為評估不同適應症的多項臨床研究的免疫治療生物標誌物的研究。
TMB作為生物標誌物的興起如何測量TMB:已經使用了不同的方法來測量TMB,下一代測序(NGS)在其他方法中脫穎而出。 主要用於TMB測量的以下方法:

  • 全外顯子組測序:全外顯子組測序是一種廣泛使用的下一代測序(NGS)方法,涉及對基因組蛋白質編碼區進行測序。 人類外顯子組僅佔不到2%的基因組,但包含約85%的已知疾病相關變體,1使該方法成為全基因組測序的一種經濟高效的替代方法。
  • 基因靶向測序:靶向基因測序面板是用於分析給定樣品中特定突變的有用工具。 聚焦的面板包含一組選擇的基因或基因區域,這些基因或基因區域與所研究的疾病或表型具有已知或懷疑的關聯。

所有公司都提供TMB測試服務的公司:根據Roots Analysis最近提供的一份報告,該報告提供了有關新型生物標誌物的服務提供商的完整列表,只有大約20個參與者專門為TMB測試提供服務。
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斯里什蒂·庫拉納(Sristhti Khurana)

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